La chiesa di San Francesco è la chiesa più popolare di Urbino e la sua origine risale ai primi momenti del monachesimo occidentale. Fu infatti abbazia benedettina e dal 1286 tempio francescano. Sorge su un’area in cui vi sono tracce di edifici romani. Costruita in stile romanico a una navata, ne venne aggiunta una seconda e quindi una terza, quando nel 1742 fu sistemata nella sua attuale fisionomia a tre navate con cupola ceca sulla crociera.

Il portico è del periodo romanico, il Campanile di quello gotico, a questo nei primi del ’500 venne sovrapposto il “cartoccio francescano” contemporaneamente ai due che culminano i Torricini. Sono in entrambi i casi due riuscite contaminazioni, indubbiamente però le loro linee sono estranee al disegno lauranesco e alla compiutezza del campanile. Nel secolo XIII venne costruito anche un mirabile chiostro in cui furono sepolti i Conti regnanti e alte personalità di Urbino; venne demolito alla fine dell’800 per dar posto alla attuale ”Piazza delle Erbe”.

Anche cosi S. Francesco è un complesso monumentale di grande valore. Tra i dipinti all’interno vi sono: Trinità e Santi (1611) di Cesare Maggeri (primo altare a sinistra), e un frammento di affresco, Cristo Crocifisso, della maniera dei Salimbeni; il Perdono di Assisi (1574-1581), opera celebre del Barocci (abside).

Nella cappella Paltroni, gotica, alla base del campanile, gruppo scultoreo, Pietà, di arte tedesca della metà del quattrocento. A destra del presbiterio, Cappella del Santissimo Sacramento, ricostruita nel 1776 a pianta rettangolare, da ottagonale che era: pregevole l’insieme scultoreo e decorativo del portale e dell’interno, realizzato dal 1516 al 1520 da Costantino Trappola, il più illustre degli scalpellini di Sant’Ippolito.